出生於英國蘇格蘭的馬雅各(James Laidlaw Maxwell，1836～1921)，畢業於愛丁堡大學(University of Edinburgh)，之後轉赴柏林、巴黎深造。學成後，在伯明罕總醫院(General Hospital, Birmingham)擔任駐院醫師。事業起步的同時，馬雅各得知杜嘉德(Carstairs Douglas，1830～1877)正在英國各地的長老教會(Presbyterian Church)尋找有醫學背景的傳教人才前往台灣，雖然他當時對台灣一無所知，卻下定決心放棄在英國優渥且光明可期的前途，主動向教會申請到台灣服務。
離開英國時的馬雅各為27歲，剛剛訂婚，在離開家鄉前，他剪下自己的頭髮送給未婚妻Mary Anne Goodall(～1918)，隨後跟隨杜嘉德搭船抵達上海，再往廈門學習語言。在當地停留將近1年半後，馬雅各終於在公元1865年正式以醫療宣教師的身份被派往台灣。經過考察後，馬雅各認為府城台南最適合作為在台傳教的起點和中心，因此他就在府城西門外的看西街(今台南市仁愛街)租下一棟房子，以前屋為禮拜堂，後方闢為醫館，一面行醫一面傳教，這是台灣首次引進西式現代醫療的紀錄。
當時台灣民間的醫療觀念還十分保守，兼有排外心理，馬雅各開始行醫後不久就傳出謠言，指稱他挖取人的眼睛和心臟入藥，民眾人心惶惶造成騷動，包圍看西街醫館。在當地縣令的協調下，馬雅各只得放棄醫館，轉往駐有英國領事館的旗後(今高雄旗津一帶)，繼續行醫傳教，合計他這次在台南只待了20多天。雖然在旗後的醫療傳教工作進展順利，但馬雅各對於在府城傳教的推動卻念念不忘。此時一樁國際事件，成為他重回台南的契機。
清治時期，樟腦是台灣的重要出口商品之一，當時清政府在台實施「樟腦官賣」政策，不允許外國商人與民間直接交易。1868年，英商「怡記洋行(Elles & Co.)」違反禁令私購樟腦準備運往海外，遭到官府查扣，最終擴大為國際糾紛，史稱「樟腦事件」。英方以武力為後盾，逼使清政府達成協議，主要內容除開放樟腦自由貿易，發生華外糾紛時由清、英兩國共同裁判之外，還禁止民眾誹謗基督教、承認傳教士在台灣各地有傳教居住的權利等。在得到法定協議的保護後，同年年底，馬雅各帶著剛剛完婚不久的妻子重返台南，在二老口街開設醫館與禮拜堂。這座二老口醫館就是今日新樓醫院的前身，民間俗稱為「舊樓」醫院。
在二老口醫館行醫的同時，馬雅各為了培育傳教人才，1869年起於台南、旗後兩地開辦「傳道者速成班」與「傳教者養成班」。這些神學訓練組織逐步演變為日後的台南神學院。此外，馬雅各也參與了長老教會在台灣的「白話字」推行運動。白話字一般拼寫為Peh-oe-ji (POJ)，指一種以羅馬拉丁字母拼寫的閩南語正字法，為19世紀時由長老教會於廈門創設的拼音文字，因此也被稱為「教會白話字」或「教會羅馬字」(Church Romanization)。
白話字的推行，對於長老教會在福建、台灣兩地的傳教工作幫助很大，原因在於當時台灣居民幾乎都是文盲，傳教士們在提倡閱讀《聖經》或散發宣教資料上出現困難。但引入白話字並教育民眾使用後，不但有利於向漢人移民灌輸信仰，甚至對將福音傳往原住民居住的地區也有幫助。1865年秋天，馬雅各曾與英國駐台海關人員必麒麟(William Alexander Pickering，1840～1907)前往府城以東的平埔族聚居地醫療宣教。出乎意料的是，平埔族人不像當時的漢人對西方人態度排斥，反而認為他們是兩世紀來台的荷蘭人「紅毛親戚」，給予熱情款待。在這一趟旅途中，馬雅各發現當地平埔族人仍保存著先前荷蘭人治理台灣時，以羅馬拼音字母書寫西拉雅(Siraya)語的「蕃仔契」(這些契約的集合，史稱「新港文書」)。
雖然至今仍無法確定，新港文書所使用的拼音文字與長老教會推行的白話字之間的異同程度，但據說馬雅各為此信心大受鼓舞，要在台灣努力推動白話字的普及，讓漢人與原住民都能用母語來閱讀《聖經》，因此除了白話字教學外，他也開始著手翻譯白話字《聖經》。1871年，馬雅各在台灣的服務任期屆滿，返回英國。白話字在台灣的普及工作，由1875年抵台的巴克禮(Thomas Barclay，1849～1935)接替，他除了繼續傳教人才的培育，創辦台南神學院外，還主導發行《台灣府城教會報》(今《台灣教會公報》)。這是一份完全以白話字撰寫印刷的報刊，間接反映了當時白話字在台灣民間使用的普遍。
馬雅各後來又在1884年與妻子重返台灣，但這次只在府城待了1年左右，就因妻子染病回國。值得一提的是，馬雅各的兩個兒子在耳濡目染下，長大後也投身醫療宣教工作。長子馬約翰(Jhon Praston Maxwell，1871～1961)在中國大陸行醫；次子馬雅各二世(James Laidlaw Maxwell Jr.，1873～195l)則跟隨父親的腳步來到台灣，出任新樓醫院院長。父子3人均從事醫療宣教工作，傳為佳話。據聞馬雅各曾說：「如果我還有其他的孩子，也願意奉獻給上帝。」他認為在台灣將近7年多的時間，是他一生中最美好的時光；而對台灣來說，馬雅各帶來的西方醫學概念與技術，則為台灣現代醫療打下重要的基礎。
